L’origine della chiesa risale al 1287 quando Fra Bartolomeo dei Minori Conventuali fece erigere su una preesistente pieve il nuovo tempio dedicato ai Santi Filippo e Giacomo. In seguito l’intero complesso, chiesa e convento annesso, verrà dedicato a San Francesco d’Assisi. La chiesa nel 1291 doveva essere terminata perché Papa Niccolò IV, nella Bolla “Licet is”, emana in suo favore un’indulgenza di quaranta giorni ai devoti che la visitassero durante le principali festività.

La facciata dell’edificio, la cui forma è detta “a capanna”, fu realizzata nel 1401-1406 dai Maestri Menuccio Menucci da Amelia, Giovanni di Nicola da Castel dell’Aquila e Santo di Domenico di Carignoli da Todi. Alcuni studiosi hanno ipotizzato che per la costruzione della facciata furono utilizzati, oltre alla locale pietra di tonalità grigio-rosata, conci di travertino provenienti da un sepolcro di forma piramidale di epoca romana. La parte inferiore della facciata è dominata da un portale strombato in marmo, mentre la parte superiore è caratterizzata da un rosone concentrico e da una serie di archetti ciechi trilobati lungo il cornicione del sottotetto. Sul lato sinistro svetta il campanile eretto in origine nel 1447 da maestranze lombarde: crollato in seguito al terremoto del 1915, fu ricostruito nel 1932.

L’interno, totalmente stravolto dai rifacimenti in stile barocco eseguiti nella seconda metà del Settecento, presenta un’unica navata con volta a botte e un presbiterio rialzato e triabsidato, sormontato da una cupola. Il ciclo pittorico che orna il presbiterio, coevo alla ristrutturazione architettonica, è attribuito al decoratore perugino Vincenzo Monotti (Perugia 1734-1792). Di grande interesse è la cappella Geraldini, dedicata a Sant’Antonio da Padova, situata sulla destra della navata: voluta nel 1476 dal vescovo Giovanni Geraldini come sacrario di famiglia, ospita fra i tanti il monumento funebre di Matteo ed Elisabetta Geraldini, capolavoro di scultura rinascimentale eseguito nel 1477 dal celebre scultore fiorentino Agostino di Duccio (Firenze 1418-Perugia 1481). In quest’opera l’artista espresse il suo talento nelle sculture dei due angeli oranti ai lati della figura di Sant’Antonio, in bassorilievo, che rivelano un gusto tendente al linearismo. Notevoli sono anche le tombe appaiate di Camillo (morto nel 1480) e Belisario (1482), dove i defunti giacciono su un elegante catafalco classico, a cui si appoggiano due commossi angioletti intenti a sostenere l’arma della casata Geraldini.

Allo stesso stile, riconducibile alla bottega romana dello scultore di origine lombarda Andrea Bregno (Osteno 1421-Roma 1506), rimanda il sepolcro di Messer Geronimo Geraldini (morto nel 1481, era stato Podestà di Firenze tra il 1473 e il 1474) mentre il monumento di Angelo Geraldini (1486) è considerato opera di maggiore raffinatezza e viene pertanto attribuito a Luigi Capponi, allievo del Bregno e autore del monumento funebre del maestro, situato nella chiesa di Santa Maria sopra Minerva a Roma. Altre opere degne di nota sono il coro ligneo datato 1411 e gli affreschi medievali presenti sulle pareti di un piccolo vano antistante la porta d’ingresso, che è l’unico ambiente rimasto intatto dell’edificio di fondazione trecentesca, tra cui spicca una significativa Crocifissione di Scuola giottesca.