Eretta su una precedente pieve dedicata a San Pancrazio, questa chiesa fu costruita per ospitare la prima comunità di frati agostiniani stabilitasi ad Amelia nel 1266 per iniziativa del vescovo di Narni Orlando. Venne consacrata nel 1288. In origine si presentava come un edificio in pieno stile gotico: l’esterno preserva il suo aspetto originale ed è notevole in particolare l’abside poligonale che può essere ammirata da Via Posterola, le cui alte e snelle bifore ad arco acuto vennero successivamente tamponate con mattoni. Il portale, anch’esso ad arco acuto, presenta una ricca articolazione in stipiti, colonnine e fasce decorate da bassorilievi allegorici rappresentanti tralci di vite e animali fantastici e mostruosi. Nella soprastante lunetta vi è affrescata l’immagine della Madonna col Bambino tra Sant’Agostino, San Nicola da Tolentino e angeli musicanti ritenuta di scuola senese del Trecento.

La parte superiore della facciata non è invece quella dell’edificio duecentesco: crollata nel 1449, venne infatti ricostruita nel 1477 grazie alla generosità di Angelo I Petrignani che ne patrocinò il restauro e per questo motivo lo stemma della famiglia Petrignani è posto sul bordo inferiore del rosone. L’interno, ad unica navata, fu modificato in forme barocche tra il 1742 e il 1762, risparmiando tuttavia l’originale pavimento in terracotta. È giusto ricordare che nel corso dei secoli la chiesa era divenuta luogo privilegiato di sepoltura per alcune delle più importanti famiglie aristocratiche amerine, tra cui i Cansacchi di cui sono ancora conservate alcune memorie funebri. Tra le opere in essa conservata vanno ricordati i dipinti: Immacolata Concezione tra i Santi Giovanni Evangelista, Agostino e Carlo Borromeo di Antonio Circignani detto il Pomarancio (Città della Pieve, 1568 circa – Roma 1629) datata 1613 circa; La Trinità adorata dalle Sante Monica, Rita e Chiara da Montefalco attribuito a Giacinto Gimignani (Pistoia 1606 – Roma 1681); gli affreschi di Francesco Appiani (Ancona 1704 – Perugia 1792) nell’abside (Natività di Gesù, Martirio di San Pancrazio e Sacra Famiglia con Sant’Anna e San Giovannino) e nella cupola (Gloria di Sant’Agostino) datati 1746-1750.

Da segnalare inoltre: l’organo collocato sopra la porta d’ingresso, fabbricato nel 1841 dal maestro Angelo Morettini di Perugia; la sagrestia rimasta di impianto gotico, dove si ammira una volta a crociera con costoloni e sulle pareti rarissime sinopie, ovvero disegni preparatori per affreschi, eseguite a sanguigna); il portale d’ingresso al convento e il chiostro iniziato nel 1492 dall’architetto lombardo Martino Tartaglia. Di recente sono emersi in un locale dell’ex convento, adibito in passato a sede del Museo Civico e a sede di un istituto scolastico, lacerti di affreschi di scuola raffaellesca (si riconoscono una Madonna col Bambino e un San Rocco) databili alla prima metà del Cinquecento.