Non si conosce esattamente la data in cui Amelia divenne Comune, tuttavia è storicamente accertato che la città combatté una guerra tra comuni a fianco di Todi e Foligno contro Perugia, Orvieto e Gubbio nel 1065: sembra pertanto che all’epoca avesse una consistente organizzazione comunale. Preposti alla reggenza del Comune erano i Consoli (due o quattro), che venivano eletti tra gli uomini più rappresentativi della città.

Nel 1208 innanzi all’Abbazia di San Secondo fu stipulato un trattato di pace-sottomissione con Todi, che mirava a tenere legata a sé Amelia, il cui controllo sarebbe stato determinante per allontanare l’ingerenza di Orvieto, acerrima nemica. Nell’ambito della lotta tra Papato ed Impero la città di Amelia subì nel 1240 un saccheggio ad opera delle truppe di Federico II. Seguì la decadenza del Comune e il suo coinvolgimento nelle dispute tra Guelfi e Ghibellini. Già alla fine del 1200 la città era retta secondo Statuti popolari, di cui si conservano nell’Archivio Storico Comunale i testi del 1330 e del 1346. Intorno alla metà del XIV Amelia venne riconquistata dal Cardinale Egidio di Albornoz, il quale riuscì a togliere diversi gravosi oneri che la città aveva contratto nei confronti di Todi e operò ritocchi alla Riformanze conservate nell’Archivio Storico Comunale insieme agli altri codici e agli Statuti, esempi di arte legislativa che dimostrano quanto fosse funzionale l’ordinamento comunale. Tra la fine del XIV e l’inizio del XV secolo Amelia incappò in un periodo di tremenda carestia, i cui effetti furono aggravati dai tributi imposti da Roma. L’11 novembre 1417 fu eletto Papa il Cardinale Ottone Colonna (Martino V), il quale, avendo frequentato Amelia, confermò i privilegi della città.

Nel 1426 San Bernardino da Siena predicò in Amelia contro la bestemmia e l’usura. Amelia, pur condizionata dall’appartenenza allo Stato della Chiesa, continuava con alacrità a difendere i criteri di autonomia e di libertà comunale, anche incoraggiata dagli auspici di illustri amerini, come Mons. Angelo Geraldini. Nel 1476, Papa Sisto IV, allontanandosi da Roma dove infieriva la peste, fu ospitato ad Amelia dai Geraldini.